ملا علی کنی از فقهای قرن 13 هجری قمری است. او از علمای دارای نفوذ در درباره ناصر الدین شاه به شمار میرفت. ملا علی به ترویج علوم دینی و دفاع از آن میپرداخت. همچنین در برابر تصمیمات نادرست مخالفت خویش را اعلام میکرد و برای لغو آنها تلاش مینمود. از ملا علی کنی دو کتاب توضیح المقال و شرح جواهر الکلام به حای مانده است.
طاعون کشنده و بازگشت ملا علی کنی به ایران
ملا علی کنی 24 سال سن داشت. در آن زمان در کشور عراق طاعون کشندهای پدیدار شد. بسیاری از مردم آن کشور به این بیماری مبتلا شدند. در این میان عدهی کثیری از مردم برای آنکه از گزند این بیماری در امان باشند خانه خود را ترک کرده و موقتا به مکانهای امن میرفتند. علما و طلبههای شهرهایی نجف و کربلا نیز ناچار شدند مدتی از درس دور شوند و شهر را ترک نمایند. شیخ علی کنی در آن زمان طلبه بود. او نیز ناچار شد که نجف را ترک کرده و پس از دو سال برای ادامه تحصیل بازگردد.

خدمتی مورد پذیرش امام مهدی (عج)
مؤلف کتاب گنجنه دانشمندان، جناب شریف رازی نقل میکند. زمانی یک فرد از اهالی تهران که از مکه باز میگشت، به شهر نجف وارد شد. او به نزد میرزای شیرازی رفت و به ایشان عرض کرد: به مکه رفته بودم، پول و آنچه که با خودم برده بودم را گم کردم (یا تمام کردم). پس در مسجد الحرام به خدا پناه برده و امام مهدی (عج) را واسطه کردم تا برایم پول و توشهای مهیا شود و در این سفر معطل نمانم. هر روز این کار را با التماس انجام میدادم تا آنکه در یکی از همان روزها که پرده خانه خدا را به دست گرفته بودم و تضرع میکردم. دستی به شانهام خورد. برگشتم که ببینم این شخص کیست. دیدم فرد محترمی است. او گفت که چه حاجتی داری و من نیز مشکلم را بازگو کردم. او چند لیر به من داد و گفت که با اینها به نجف بروم و به نزد میرزا محمد حسن شیرازی بروم و بگویم سید مهدی گفت که با این نشانی که به همراه حاج ملا علی کنی در بازگشت از مکه به شام و زیارت حضرت زینب (س) رفتید و حرم را گرد و خاک گرفته بو، پس آن را تمیز کردید و با عبای خود آن گرد و غبار را خارج ساختید، به تو بیست اشرفی دهد.

میرزای شیرازی با این سخن منقلب شد. پس 20 اشرفی را به مسافر داد. آن شخص به تهران بازگشت. پس به نزد ملا علی رفت و آنچه پیش آمده بود را برای او نیز شرح داد. ملا به شخص مسافرگفت: آن آقا حوالهای به من نداد؟ شخص گفت: خیر
ملا بسیار گریه کرد و در ادامه گفت: میرزا شیرازی در تمیز کردن حرم حضرت زینب (س) تلاش بسیاری کرد. این تلاش توجه امام را به ایشان جلب نمود.
علمای امت – پاسخ ملا علی کنی به شاه
در روزی از روزها، شاه رو به ملا علی کنی کرد و گفت: مطابق با حدیث شریف «علمای امت من از رسولان بنی اسرائیل برتر هستند»، شما میبایست حداقل اموری را انجام دهید که آن پیامبران انجام دادهاند. به عنوان مثال آیا شما میتوانید همچون موسی پیامبر عصایی را به اژدها تبدیل کنید؟ ملا کنی بدون درنگ پاسخ داد: بل، اگر که شما ادعای خدایی نمایید ما نیز عصا را اژدها میکنیم.
ممانعت از خراب کردن مسجد
روزی شاه دستور داد تا خیابانی احداث کنند. در آن خیابان مسجد کوچکی بود که تخریب آن در طرح قرار داشت چرا که در مسیر بود. علمای تهران زمانی که متوجه امر شدند، به مخالفت پرداختند اما مخالفت آنها بی نتیجه بود. پس تصمیم گرفتند مسجد بزرگی به جای آن مسجد در مکان دیگری احداث کنند. ملا علی کنی از این رخداد اطلاع پیدا کرد. پس نامهای به شاه نوشت و در آغاز نامه پس از نام خدا آیه اول سوره فیل را جهت یادآوری نوشت.
ناصر الدین شاه زمانی که نامه را خواند از خراب کردن مسجد صرفنظر کرده و مسیر خیابان را تغییر داد.
بهتر است برگردم
روزی ناصر الدین شاه برای شکار به همراه اطرافیان خود از دروازه شهر بیرون رفت. آنها مسافتی را نرفته بودند که از دور نگاهی به پایتخت کرد و به فکر فرو رفت. پس بدون لحظهای تامل از شکار منصرف شد و مسیر تهران را در پیش گرفت. یکی از درباریان همراه علت انصراف را جویا شد. شاه گفت: زمانی که از دروازه خارج شدم، نگاهم به شهر و دروازه افتاد. پس این فکر به ذهنم خطور کرد که اگر ملا علی کنی دستور دهد که دروازه را بر من ببندند من چه کنم. پس ترسی من را فرا گرفت و بازگشت را بهتر دیدم.